遊戲發生在前三個質量效應事件的600年後，位於仙女座星系。玩家要從Scott Ryder（男性）或Sara Ryder（女性）雙胞胎中選擇，並與另一位繼續進行故事。他們是Alec Ryder的孩子，他是一名前星聯N7特種部隊士兵和「仙女座開拓團」（Andromeda Initiatives）組織所指派的人類「開拓者」（Pathfinder），參與為銀河系的五大智慧人種（地球人、阿莎麗人、突銳人、塞拉睿人和克洛根人）尋找宜居的殖民地而發掘新星球的任務。
人類（地球人）的方舟「海伯利安號」到達仙女座星系的「赫利俄斯星團」（Heleus Cluster）時，船身碰上了一股黑暗能量風暴而受損，不過眼前卻是組織計劃好「黃金世界」—「第七棲息地」（Habitat 7）的類地行星，Alec Ryder帶隊下去調查，發現該星球的空氣不適合人類呼吸，還時常打著不穩定的雷暴，隊伍還被一群神秘的外星人襲擊，不過Ryder父子/女在星球上找到和啟動了一個神秘的設施，但設施突然爆炸將兩人轟飛並跌下毒沼，Scott/Sara因頭盔破碎而窒息，Alec為了拯救自己的兒子/女兒，將自己的頭盔脫下來給他/她戴上而犧牲自己，死前還將開拓者的名銜和人工智能系統"SAM"的神經網絡鏈結交給自己的兒子/女兒繼承，令Scott/Sara唯有擔當起開拓者的使命。
當方舟到達仙女座開拓團的旗艦"Nexus"時，居然沒人出來迎接，當地人告訴Ryder，方舟已經比原定計劃遲了14個月到達，還和其他方舟失去聯絡，開拓團官方為了開源節流所以不將部分的殖民者從冬眠艙中喚醒。而且在這期間，Nexus上的人民聽說了在初次探測後發現之前觀測過的星球都已經變得不再宜居的消息，不滿和絕望的人要求投票返回銀河系，甚至發生了起義事件，平息後參與起義的人被逐出Nexus成為「流放者」（Exiles）。官員們告訴Ryder，他們的方舟所碰上的黑暗能量風暴名為「鞭棘」（The Scourge），此事象令到黃金世界的環境遭到異變，變得不適合生存。而襲擊他們的神秘外星種族名為「凱特」（Kett），令來自銀河系的殖民者在異地中尋找新家園的進展遇上嚴重困難。所以身為開拓者的Ryder，乘坐最先進的探索太空船「暴風號」（Tempest），帶領小隊在各星球上尋找解決殖民者面臨著的資源枯竭問題之外，還要尋找回失去了聯絡的方舟。
